Tieteellisten seurain valtuuskunnan hallituksessa on 15 jäsentä, joista Suomalainen Tiedeakatemia ja Suomen Tiedeseura nimeävät kumpikin kaksi jäsentä ja Teknisten Tieteiden Akatemia yhden jäsenen. Vuosikokous valitsee muut hallituksen jäsenet jäsenseurojen edustajista siten, että eri tieteenalat ja maan eri puolilla toimivat seurat tulevat tasapuolisesti huomioiduiksi
TSV:n hallitus 2012
Vararehtori Ulla-Maija Forsberg (varajäsen pääsihteeri Tuomas Lehtonen)
Suomalais-Ugrilainen Seura (Suomalaisen Kirjallisuuden Seura)
Prof. Carl G. Gahmberg (varajäsen prof. Pekka Pyykkö)
Finska Vetenskaps-Societeten – Suomen Tiedeseura
Prof. René Gothóni (varajäsen prof. Leif C. Andersson)
Finska Vetenskaps-Societeten – Suomen Tiedeseura
Dos. Timo Harrikari, (varajäsen professori Tuomas Martikainen)
Nuorisotutkimusseura ja Etnisten suhteiden ja kansainvälisen muuttoliikkeen seura
Prof. Juhani Keinonen (varajäsen dos. Niklas Meinander)
Suomen Fyysikkoseura
Dos. Tuija Laine (varajäsen prof. Matti Kotiranta)
Suomen kirkkohistoriallinen seura
Prof. Markku Leskelä (varajäsen prof. Marc Baumann)
Suomalaisten Kemistien Seura ja Suomen Kemian Seura–Kemiska Sällskapet i Finland
Professori Pirjo Markkola (varajäsen professori Kimmo Katajala)
Suomen Historiallinen Seura
Prof. Olli Martio (varajäsen prof. Olavi Nevanlinna)
Suomalainen Tiedeakatemia
Prof. Tapio Markkanen, (varajäsen prof. Jukka Rantala),
Tähtitieteellinen yhdistys Ursa ja Suomen kouluhistoriallinen seura
Kansleri Ilkka Niiniluoto (varajäsen prof. Kirsi Tirri)
Suomalainen Tiedeakatemia
Prof. Hannu Sariola (varajäsen toimitusjohtaja Pekka Mustonen)
Suomalainen Lääkäriseura Duodecim
Professori Harry Schulman (varajäsen professori John Westerholm)
Suomen Maantieteellinen Seura
Prof. Ari Sihvola (varajäsen prof. Aarne Halme)
Teknillisten Tieteiden Akatemia.
Prof. Eva Tammi-Salminen (varajäsen prof. Jaana Norio-Timonen)
Suomalainen Lakimiesyhdistys.
