Tieteellisten seurain valtuuskunnan hallituksessa on 15 jäsentä, joista Suomalainen Tiedeakatemia ja Suomen Tiedeseura nimeävät kumpikin kaksi jäsentä ja Teknisten Tieteiden Akatemia yhden jäsenen. Vuosikokous valitsee muut hallituksen jäsenet jäsenseurojen edustajista siten, että eri tieteenalat ja maan eri puolilla toimivat seurat tulevat tasapuolisesti huomioiduiksi
Puheenjohtaja
Prof. Ilkka Niiniluoto (varajäsen prof. Matti Saarnisto)
(2009-2011) Suomalainen Tiedeakatemia
Varapuheenjohtaja
Prof. Juhani Keinonen (varajäsen dosentti Niklas Meinander)
(2010-2012) Suomen Fyysikkoseura
Muut jäsenet:
Vararehtori Ulla-Maija Forsberg (varajäsen pääsihteeri Tuomas Lehtonen)
(2010-2012) Suomalais-Ugrilainen Seura (Suomalaisen Kirjallisuuden Seura)
Prof. Carl G. Gahmberg (varajäsen prof. Pekka Pyykkö)
(2008-2010) Finska Vetenskaps-Societeten - Suomen Tiedeseura
Prof. René Gothóni (varajäsen prof. Leif C. Andersson)
(2010-2012) Finska Vetenskaps-Societeten - Suomen Tiedeseura
Prof. Erkki Hollo (varajäsen prof. Jaana Norio-Timonen)
(2009-2011) Suomalainen Lakimiesyhdistys
Prof. Seppo Laaksonen, (varajäsen prof. Lauri Tarkkonen)
(2009-2011) Suomen Tilastotieteen Seura
Prof. Markku Leskelä (varajäsen prof. Marc Baumann)
(2008-2010) Suomalaisten Kemistien Seura ja
Suomen Kemian Seura-Kemiska Sällskapet i Finland
Professori Pirjo Markkola (varajäsen professori Kimmo Katajala)
(2010-2012) Suomen Historiallinen Seura
Prof. Olli Martio (varajäsen prof. Olavi Nevanlinna)
(2008-2010) Suomalainen Tiedeakatemia
Prof. Henrik Meinander (varajäsen prof. Håkan Andersson)
(2009-2011) Svenska litteratursällskapet i Finland
Prof. Hannu Sariola (varajäsen toimitusjohtaja Pekka Mustonen)
(2008-2010) Suomalainen Lääkäriseura Duodecim
Professori Harry Schulman (varajäsen professori John Westerholm)
(2010-2012) Suomen Maantieteellinen Seura
Prof. Ari Sihvola (varajäsen prof. Aarne Halme).
(2009-2011) Teknillisten Tieteiden Akatemia
Dos. Kyllikki Tiensuu (varajäsen prof. Risto Saarinen)
(2008-2010) Suomen kirkkohistoriallinen seura
